ФК Нант появился на французской футбольной сцене в 1943 году, в разгар Второй мировой войны. Это был период, когда авторитетные спортивные организации Франции подвергались реструктуризации из-за военной необходимости. По инициативе Марселя Сопена, президента US Mellinet et Étoile, и владельца хозяйственного магазина Жоржа Дюфура пять местных клубов решили объединить свои ресурсы и сформировать единую команду - Football Club de Nantes.
Первые годы были трудными, поскольку ресурсы были ограничены, а конкуренция была жесткой. Первоначально играя в региональных лигах, только в 1963 году они перешли в Лигу 1 под руководством менеджера Хосе Аррибаса. Его философия атакующей игры стала определять стиль клуба на десятилетия вперед.
Среди известных игроков той эпохи - Филипп Гонде, который был рекордсменом по количеству голов, забитых за один сезон Лиги 1 (36), и Роберт Будзински, который позже стал генеральным менеджером.