ФК Нант з'явився на французькій футбольній арені в 1943 році, під час Другої світової війни. Це був період, коли створені спортивні організації Франції реструктуризувалися через військові потреби. В рамках ініціативи під керівництвом Марселя Сопена, президента US Mellinet et Étoile, і власника господарського магазину Жоржа Дюфура, п’ять місцевих клубів вирішили об’єднати свої ресурси, щоб сформувати єдину команду – Football Club de Nantes.
Перші роки були складними, оскільки ресурси були дефіцитними, а конкуренція жорсткою. Спочатку вони грали в регіональних лігах, але лише в 1963 році вони заслужили підвищення до Ліги 1 під керівництвом Хосе Аррібаса. Його філософія атакуючої гри стане визначати стиль клубу на десятиліття.
Відомими гравцями цієї епохи є Філіп Гонде, який тримав рекорд за кількістю забитих голів в одному сезоні Ліги 1 (36), і Роберт Будзинскі, який пізніше став генеральним менеджером.