FC Nantes a fait son apparition sur la scène du football français en 1943, en pleine Seconde Guerre mondiale. C'était une période où les organisations sportives françaises établies étaient restructurées en raison des exigences de la guerre. Dans le cadre d'une initiative menée par Marcel Saupin, président de l'US Mellinet et Étoile, et le propriétaire d'une quincaillerie Georges Dufour, cinq clubs locaux ont décidé de fusionner leurs ressources pour former une seule équipe unifiée : le Football Club de Nantes.
Les premières années ont été difficiles car les ressources étaient rares et la concurrence serrée. Jouant initialement dans des ligues régionales, ce n'est qu'en 1963 qu'ils sont promus en Ligue 1 sous la direction de José Arribas. Sa philosophie du jeu offensif allait définir le style du club pendant des décennies.
Parmi les joueurs notables de cette époque figurent Philippe Gondet, qui détenait le record du plus grand nombre de buts marqués en une seule saison de Ligue 1 (36), et Robert Budzynski qui deviendra plus tard directeur général.